1963年7月に竣工した神学館は日本で初めての全館冷房の学校建築です。総工費の約半額をセランティック・ファンド（後の神学教育ファンド）からの寄付金により建てられました。これはアジアの5つの神学校に贈られた寄付金であって、日本では同志社だけにあたえられたものです。残額はThe United Churchi Board for World Ministriesと同志社が負担しました。地下1階、地上4階だての鉄筋コンクリート造りです。なお、神学館の完成に伴い、旧神学館はクラーク記念館と名称が改められました。